据前次探摸所知，古船的左舷旁中前方、右舷旁前方和古船尾部三个地方有凝结物。为了下阶段沉井的沉放，必须清除这三个地方的凝结物。而凝结物里有宋代的瓷器、铜器、铁器和古币等贵重物品，硬度很大并连成一片，要将其逐一捞起，可以说工作量和难度都相当大。
2007年4月11日1130时，潜水员用一天半的时间，将“南海I号”的第一块凝结物打捞出水，打响了“南海I号”打捞工程的第一炮，也对第一阶段清除凝结物的方法有了新的突破。